Raio-X do esqueleto de um lagarto
O esqueleto é totalmente ósseo, crânio com um côndilo occipital, limitado ventralmente por um palato, que separa as passagens respiratórias e digestivas. Formado por elementos ósseos, fornece uma sustentação adequada à vida em meio terrestre, ao contrário do dos anfíbios. Com exceção dos crocodilianos, os répteis têm as patas para os lados e não por baixo do corpo, o que os obriga a deslocarem-se rastejando.
Em muitos répteis o crescimento ósseo não termina com a maturidade sexual, o que permite a muitos exemplares atingirem tamanho gigantesco.
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